Sanger DNA sequencing


Publicatie datum:

Wat is Sanger DNA sequencing en hoe werkt het?

Gesponsorde koppelingen

Een erg belangrijke techniek in de moleculaire biologie is het sequencen. Sanger sequencing is vanaf 1980 voor de meeste laboratoria een standaard methode geworden. Sanger sequencing word ook wel dideoxy sequencing genoemd, door het gebruik van dideoxynucleotiden. In vergelijking tot normale nucleotiden, bevatten dideoxynucleotiden een waterstofgroep op de 3' koolstof. Op deze plaats zit normaal gesproken een hydroxylgroep. Maar hoe zit het dan verder met Sanger sequencing? Dit lees je in dit artikel. Naast Sanger sequencing bestaat er ook pyrosequencing en tegenwoordig ook Next Generation Sequencing (NGS). Deze technieken produceren meer en sneller data dan Sanger sequencing. Met NGS kan je zelfs in één keer bijvoorbeeld het hele exome of transcriptoom van een organisme bepalen.  Op deze laatste twee sequencemethode gaan we in dit artikel niet in, vanwege de complexiteit.

Wat is Sanger DNA sequencing?
Door middel van sequencing kan de primaire structuur van DNA bepaald worden, dus de volgorde van de basen. Deze veel gebruikte sequence methode maakt gebruik van de "chain termination method". Deze methode is ontwikkeld door Frederick Sanger en wordt daarom ook Sanger sequencing genoemd. De chain termination methode gebruikt specifieke terminatie (beëindiging) van een DNA synthese reactie.

Voorafgaand aan Sanger sequencing wordt een PCR uitgevoerd en met één van de primers kan één sequence reactie uitgevoerd worden. Zie http://artikelen.foobie.nl/verslagen-scripties/polymerase-chain-reaction-pcr/ voor verdere informatie over DNA en PCR. Het enzym DNA polymerase zorgt ervoor dat de primer verlengd wordt. Dit enzym repliceert DNA. Voordat het DNA gesequenced kan worden, moet het DNA eerst worden gedenatureerd. Daarna wordt de primer vastgehecht aan de template. Deze primer is speciaal ontworpen zodat het 3' uiteinde naast het DNA ligt waar je interesse in hebt. Deze primer moet worden gelabeld. Dit kan zowel radioactief als fluorescent. Tegenwoordig wordt er meer met fluorescente labeld gewerkt. De oplossing wordt verdeeld in vier buisjes, met de labels "G", "A", "T" en "C".

Hierbij moeten ook de vier dideoxynucleotiden toegevoegd worden. De dideoxynucleotiden zijn aanwezig met ongeveer een honderdste van de concentratie van de normale voorlopers. De dideoxynucleotiden verhinderen toevoeging van nog meer nucleotiden. Dit gebeurd doordat een fosfodiester binding niet gevormd kan worden tussen de dideoxynucleotide en het volgend komende nucleotide. Omdat het DNA wordt gesynthetiseerd, worden nucleotiden toegevoegd aan de groeiende keten van het DNA-polymerase. Af en toe wordt er een dideoxynucleotide opgenomen in de keten in plaats van een normaal nucleotide. Hierdoor wordt dus de DNA ketting beëindigd.

Banden van allrlei verschillende lengtes worden geproduceerd. Wanneer de reacties compleet zijn, wordt het DNA opnieuw gedenatureerd, voorafgaande aan de elektroforese. De vier buizen worden in een aparte laan op de polyacrylmide gel geladen, om zo de verschillende lengtebanden te kunnen onderscheiden van elkaar. Naast het gebruik van een polyacrylmide gel, kan er ook gebruik worden gemaakt van een capillair. De is gevuld met een viskeuze polymeer. Tegenwoordig wordt deze laatste methode het meest gebruikt.

"Dye Terminator Sequencing"
In plaats van de primers te labelen, kunnen ook de terminatoren gelabeld worden. Dit wordt ook wel "Dye Terminator Sequencing" genoemd. Hierdoor kan een hele set in één reactie uitgevoerd worden. Dit in tegenstelling tot de methode die primer-labeling gebruikt en er vier reactie's nodig zijn. Iedere ketting-terminator kan gelabeld worden met een andere fluorescerende kleurstof. Deze methode wordt het meeste gebruikt, omdat het sneller en goedkoper is. Zoals in de inleiding vermeld, zijn er nu recenter ontworpen sequence technieken op de markt gebracht, die nog sneller en nog effeciënter (hierdoor ook goedkoper) zijn.

Gesponsorde koppelingen

Foobie gebruiker MelSch

Auteursinformatie


Geschreven artikelen: 5
Leden aangebracht: 0

Meer uit de categorie verslagen-scripties

Is een sprongtest een goede maat voor prestatie tijdens een 100 meter sprinten?

In dit artikel wordt besproken of een sprongtest een goede maat is voor prestatie tijdens een 100 meter sprinten.

De Neus is vrij

Een artikel over de vrijlating van Willem Holleeder.

Van Lood naar Goud.....

De geschiedenis van de alchemie, de voorloper van de hedendaagse scheikunde en natuurkunde.

Lucius Annaeus Seneca

Een korte beschrijving van het leven en werk van Lucius Annaeus Seneca

Afblijven

In dit boekverslag beschrijf ik zo een beetje alles wat in het boek voorkomt.

Visie op goed spellingsonderwijs

In dit artikel geef ik aan wat mijn visie op goed spellingsonderwijs is a.d.h.v. verscheidende artikelen.

Walton Kendall

Een korte beschrijving van de filosofie van Walton Kendall.

De filosofie van Wittgenstein

Een korte beschrijving van de filosofie van Wittgenstein

Asielrecht van Afghaanse Vrouwen

wanneer komen Afghaanse vrouwen in aanmerking voor asiel in Nederland?

Waarom wordt er met squat jump hoger gesprongen dan met een counter movement jump ?

In dit artikel wordt beschreven hoe het komt dat de spronghoogte gemeten bij counter movement jump, veel hoger is dan de spronghoogte bij een squat jump.

Wat is jouw beeld van het schoonheidsideaal?

In dit opstel wordt beschreven hoe vrouwen en meisjes als lustobject worden neergezet en wat we daar aan zouden kunnen doen

Stadhouder Maurits van Nassau (1567-1625)

Levensbeschrijving van Maurits van Nassau

Het Nederlands Recht.

Een korte beschrijving van de verschillende rechten en rechtsbronnen.

Samenvatting Francis, J.R. en Simont, D.T., (1987) A Test of Audit Pricing in A Small-Client Segement of the U.S. Marktet. The Accounting Review, LXII(1), p. 145-157.

Samenvatting van een artikel van Francis e.a. uit 1987 over het verband tussen de grootte van een accountantskantoor en de hoogte van de accountantskosten / audit kosten voor ondernemingen in het small client segment..

Boekverslag van Thuis in Europa van Raffaella Sarti

Geschiedenis van het dagelijks leven: trouwen, bruidsschatten, huizen met en zonder schoorsteen, kleding, koken, het wantrouwen naar het bad als gevolg van de pest, riolering of het gebrek daaraan, in het Europa van 1500 tot 1800.

De Amerikaanse burgeroorlog

Hierin Beschrijf ik hoe de Amerikaanse burgeroorlog verliep

Samenvatting Gedrags - en werkhoudingsproblemen & zorgverbreding

Samenvatting van het bekende boek van Harry Jansen: Gedrags - en werkhoudingsproblemen & zorgverbreding

Wet ter voorkoming van witwassen en financiering van terrorisme en het verschoningsrecht van advocaten

Wet ter voorkoming van witwassen en financiering van terrorisme en het verschoningsrecht van advocaten

Sanger DNA sequencing

Wat is Sanger DNA sequencing en hoe werkt het?

Voor een crimineel geen cent te veel

Leefbaar Rotterdam heeft het volgende opgenomen in hun verkiezingsprogramma: ouders die hun kinderen zo verwaarlozen, dat zij in de criminaliteit belanden, krijgen geen kinderbijslag. Maar schieten we hier iets mee op?

Controleleer - Welke soorten verklaringen bestaan er binnen de clarity-regelgeving?

In dit artikel worden de verschillende soorten controleverklaringen (voorheen accountantsverklaringen) behandeld.

Controleleer - Accountantscontrolerisico - een inleiding

Een korte samenvatting van de begrippen bij het accountantscontrolerisico.

Volkenrecht - Democratische republiek Congo en Uganda

Het arrest over de zaak die Congo tegen Uganda spande aan het Hof

Invoering van de Europese grondwet

Wat zijn de voor- en nadelen van een Europese grondwet?

Klinische neuropsychologie

Klinische neuropsychologie is een onderdeel van neuropsychologie, dat op zijn beurt weer onderdeel is van neurowetenschappen.